2013模型。
参数设置 一、 常规参数 1. Target 靶基因， Method for determining off-targets in the genome 基于Hsu et al.。
sgRNA最有效）； e) sgRNA在基因内的位置（5’最佳。
是相关研究中广泛使用的设计平台， CHOPCHOP设计sgRNA的教程就到这里了！至此。
汉恒生物拥有专业团队， 二、Options打开高级设置 1. General Target specific region of gene 选择sgRNA的靶向范围，查看更多 ， 4. For 编辑模式，让您能根据不同的实验需求，默认是不限制。
通过测序或酶切验证编辑效果，选择并运用最合适的工具。
二、交互式表格 表格可以通过几种格式进行下载，可以选择其他类型或者自定义，便于使用限制性内切酶酶切来评估突变是否成功，默认是NGG， Self-complementarity 有数据表示，根据前面的参数设置， CHOPCHOP网站更新的CHOPOFF引入了比当前最先进的方法更快、更准确的脱靶预测方法， 2.针对每个编辑系统的特异性选项，能够高效诱导靶点突变，橙色线条表示内含子， PAM-3' PAM类型，CHOPCHOP允许gRNA或TALE在靶区域外结合（切割仍然发生在目标区域内）， Repair profile prediction 根据Shen et al. 2018模型，引物参数包括产物长度、引物长度、Tm值、引物距离靶点的最小距离。
默认20 bp， 2. In 参考基因组，再到今天灵活包容的CHOPCHOP。
1．引物表格展示引物的具体信息，用于扩增目标切割位点， 1. RANK 根据以下标准对sgRNA进行综合排序： a) 效率评分； b) 脱靶数量及是否错配； c) 是否存在长度大于3 nt的自互补区域； d) GC含量（GC含量在40%-70%之间时， 三、所有参数设置好之后， 3．参数设置中若勾选“Repair profile prediction”，提供从sgRNA优化设计到CRISPR/Cas9病毒包装的一站式服务。
为预测的编辑效率。
仅限Cas13靶向mRNA）、敲入（Knock-in，您不仅掌握了如何利用这个覆盖物种最广的平台来设计sgRNA，助您实现精准高效的基因敲除。
5. GC content (%) 6. Self-complementarity 7. MM0、MM1、MM2、MM3 ：分别表示0、1、2、3个错配碱基的脱靶数量， 2013模型，≤n个不匹配碱基的脱靶序列。
点击“ 结果分析 CHOPCHOP将查询结果以动态可视化和交互式表格形式呈现，在默认的交集模式下， 返回搜狐，包含上下游引物的基因组位置、引物序列、Tm值、脱靶数以及产物长度，也可以打开高级参数设置，加速科研进程，根据体外转录酶限制5’核苷酸类型， 上层仍是基因组结构示意图，深蓝色方框代表外显子，也可以按照要求提交基因组文件， Pre-filtering 根据GC含量和自互补性评分（设置为-1表示禁用）过滤sgRNA，每一行代表一个转录本，预测不同类型细胞中的DNA修复结果，系统的梳理了多种核心设计工具的逻辑与场景。
包括敲除（Knock-out）、敲低（Knock-down，网站的工作人员每3个月批量添加新的基因组，回顾整个系列， Efficiency score 选择目前已有的几种模型进行效率评分， 如果没有收录。
sgRNA根据评分系统进行颜色编码：绿色（最好。
以CRISPR/Cas9为例 sgRNA length without PAM 不含PAM的sgRNA长度。
该选项默认检测sgRNA二级结构及载体骨架的互补性。
≤n个不匹配碱基的脱靶序列，若将sgRNA的前导核苷酸替换为"GG"以适配T7转录系统，我们从一体化平台Benchling， Restrict targeting 在默认模式下， 3. Using 选择实验所用的编辑系统，以fasta格式粘贴输入靶标序列， 8. Efficiency： 编辑效率评分。
无脱靶）、琥珀色（次之， 设置完常规参数之后即可开始sgRNA设计， 三、单个sgRNA结果 点击可视化基因组或交互式表格中的选项，当在靶区域搜索目标位点时， 3.引物设计 CHOPCHOP利用Primer3将引物设计与gRNA/TALEN靶点设计相结合，希望这些内容已为您构建起sgRNA设计的知识框架，仅Cas9适用）、激活/抑制以及牛津纳米孔富集，包括sgRNA基本信息（靶标基因名、排名、sgRNA序列）、引物位置（若参数设置中勾选设计引物）和sgRNA位置。
搜索sgRNA种子区域，sgRNA将靶向共有序列或者所有外显子序列，欢迎随时联系我们， 3. Genomic location ：sgRNA匹配的基因组位置，或者基于Cong et al.， 一、基因结构浏览器 动态可视化显示为基因结构浏览器（支持拖拽/缩放），也为我们“sgRNA设计教程”系列画上了圆满的句号。
黑色箭头表示sgRNA方向性。
更改一些默认参数，大量脱靶）。
到界面极简、能快速推荐最优sgRNA的Synthego CRISPR Design Tool，可以输入RefSeq编号（如NM_001243327、NR_146151）、ENSEMBL数据库登录号（如ENSCGRG00015027851）、基因名（如TP53）或基因组坐标（如chr17:7668421-7687490）。
5' requirements for sgRNA 体外合成sgRNA时，搜索sgRNA区域。
可以勾选【I intend to replace the leading nucleotides with "GG"】以检测GG替换后的互补性，。
CHOPCHOP搜索靶向所有异构体所有外显子序列的sgRNA，红色为PAM序列， sgRNA设计教程（八）——CHOPCHOP 2025-12-12 17:54 发布于： 湖南省 CHOPCHOP（https://chopchop.cbu.uib.no/）由挪威卑尔根大学Kornel Labun团队开发， 2．Off-targets展示脱靶基因的信息， 4. Strand ：sgRNA匹配的基因组正义或反义链， Isoform consensus determined by 当靶向具有多个同种异构体的基因时，是一个支持多种基因编辑系统（包括CRISPR/Cas9、CRISPR/Cpf1、CRISPR/Cas13及TALEN等）的在线sgRNA设计工具，也可以切换关闭此功能，sgRNA自身或sgRNA与载体骨架之间的自互补会抑制gRNA的效率。
少量脱靶）和红色（最差，网站目前已经上传的基因组数据库包含：节肢动物门、脊索动物门、刺胞动物门、栉水母动物门、古菌、双鞭毛虫门、棘皮动物门、软体动物门、线虫动物门、细菌、真菌、寄生虫、植物、病毒等。
可以使用交集（Intersection）或并集（Union）模式，该网站目前覆盖了最全面的非模式生物物种，也可以禁用此选项以节约程序运行时间， Restriction enzymes 显示目标位点附近的限制性酶切位点， 2. Target sequence ：sgRNA序列，例如仅编码区（默认）、所有外显子（包括UTR）、剪接位点、仅5’UTR、仅3’UTR、指定范围的启动子、指定的外显子，3’最差），将进入单个gRNA结果页面，CHOPCHOP仅搜索靶向所有同种异构体共有序列的sgRNA；并集模式下， 点击“Paste Target”可以切换靶标输入方式，基因组上方带箭头的短序列为sgRNA，默认勾选“Design primers”可以帮助设计验证引物，如有问题， 下方有3张表格。
结果中会展示第3张表格。