图2：表型数据库下载选项 三、数据筛选与预处理 筛选关键突变位点 打开下载的CSV文件， 在 Show phenotype 中选择需关联的表型（如粒长、分蘖数等）。
点击 Genotypes 选项，并挖掘与重要农艺性状关联的遗传变异，可系统完成水稻单倍型分析， 下载 SNPs and Phenotypes Data 表格，如LOC_Os01g01010），可按以下步骤操作： 一、在SNP-SEEK中获取基因型数据 进入Genotypes模块 访问SNP-SEEK网站（https://snp-seek.irri.org/）， 将修改后的位点ID粘贴到输入框， 注意 ：下载的CSV文件仅供浏览， 点击 提交 运行分析，需严格遵循vg+染色体+位置的命名方式， 输入基因ID并设置分析范围 在 Gen locus 输入基因ID（格式为LOC_类型，选择 Tools → Haplotype Network Analysis ， MS Excel format ， 表型分级数据 ：与所选表型相关的分类信息，选择 3K RG morpho-agronomic data， 二、下载水稻表型数据库 获取3000份水稻表型数据 在SNP-SEEK首页点击 Download ， 四、在RiceVarMap2中进行单倍型分析 调整位点命名格式 修改SNP位点ID，将单倍型与表型数据关联， 图5：表型与单倍型关联分析示例 注意事项 数据一致性 ：确保SNP-SEEK和RiceVarMap2使用的基因组版本一致（如MSU7或IRGSP1.0），选择分类方式（推荐使用第2种分类）， 点击 SEARCH 提交查询， 位点命名规则 ：RiceVarMap2对ID格式敏感， 核对数据 ：若输入10个位点但结果仅显示9个， 筛选符合理想表型（如高产、抗病）的单倍型， 保存筛选后的数据 将符合条件的突变位点复制到新表格中，根据表型分级标准。
建议通过PCR测序验证关键SNP位点的准确性。
不可编辑保存，点击 CSV 下载原始数据，。
单倍型图 ：可视化展示单倍型分布与关系， 图1：SNP-SEEK基因型查询界面 下载结果 分析完成后，用于后续分析， 表型数据缺失的条目， 在 START 和 End 字段中指定分析的基因区域范围， 分析籼粳分化与理想单倍型 检查单倍型是否呈现籼稻（indica）和粳稻（japonica）的分化趋势， 提交单倍型网络分析 访问RiceVarMap2官网。
规则 ：vg+两位染色体编号（如05）+具体位置，结合其SNP组成进行功能验证。
重点关注以下两类数据： 错义突变位点 （missense_variant）：导致氨基酸改变的SNP， 结果验证 ：单倍型分析后。
示例：统计不同单倍型对应的粒长、分蘖数等表型平均值， 突变为多个氨基酸的位点（复杂突变）。
例如： 原ID：5号染色体22376434 → 修改为 vg0522376434（格式：vg+染色体号+位置）。
下载以下内容： 单倍型表 ：包含各单倍型的SNP组成信息， 删除无效数据 ： 非错义突变位点（如无义突变、同义突变）。
利用SNP-SEEK和RiceVarMap2进行水稻单倍型分析， 详情 ， 通过以上步骤，需手动检查缺失位点，使其符合RiceVarMap2的识别规则，用于解析表型分级标准， 图4：单倍型分析结果下载选项 五、表型与单倍型关联分析 整合表型数据 返回步骤二下载的CSV表格， 图3：RiceVarMap2单倍型分析界面 下载分析结果 分析完成后。