不支持简并字母、不预测生物功能,免费计算与导出, 免费开放 打开工具 ↗ 正向完整 ORF 扫描 Forward ORF Scan 定位标准遗传密码下完整起止的正向阅读框。
均匀独立短读长理想覆盖, 免费开放 打开工具 ↗ 密码子使用频数 Codon Frequency 统计固定正向阅读框中的 64 种密码子, 免费开放 打开工具 ↗ 蛋白 280 nm 消光系数 Protein Extinction 按芳香族残基与二硫键状态估算消光系数,不优化序列或推断表达,不做序列比对,最多 64 类, 免费开放 打开工具 ↗ 核酸组成与滑窗 GC Sequence GC Profile 统计碱基组成并绘制局部 GC 含量,不自动推断启动子, 免费开放 打开工具 ↗ 同聚核苷酸连续段 Homopolymer Runs 查找各碱基最长连续重复长度, 免费开放 打开工具 ↗ 蛋白质结构与比对 Protein Structure 查看结构、标注残基并执行 Cα 刚体叠合,无模糊碱基;滑窗不循环跨越末端,不自动寻找 ORF;尾端不完整密码子省略, 免费开放 打开工具 ↗ 蛋白电荷滴定曲线 Protein Charge Titration 计算未修饰蛋白的理论净电荷随 pH 变化。
并保留参数与版本信息,最多 20000 nt, 免费开放 打开工具 ↗ 等长序列汉明距离 Sequence Hamming Distance 统计不进行缺口比对的逐位错配。
不判断表达或功能,不直接判定跨膜区或折叠结构, PDB/mmCIF 第一模型;比对按 Cα 顺序要求等长, 质粒图谱设计 Plasmid Mapper 从序列或注释文件生成环形图谱与酶切位点表, 8–30 nt。
免费开放 打开工具 ↗ 组装 N50 与 L50 Assembly N50 L50 按组装片段长度计算连续性指标, 免费开放 打开工具 ↗ DNA k-mer 计数 DNA k-mer Counter 统计重叠短片段的出现次数, 免费开放 打开工具 ↗ DNA 基序精确查询 Exact DNA Motif Search 定位给定短序列的所有正向精确匹配, 免费开放 打开工具 ↗ 蛋白不稳定指数 Protein Instability Index 由二肽组成估算经验不稳定指数,不评估测序平台特定错误率,不等于实际净电荷,不等于序列可压缩性, k≤3。
,请选择符合实验条件的模型, 标准 DNA 字母。
免费开放 打开工具 ↗ 短寡核苷酸 Wallace 熔点 Wallace Oligo Tm 计算 2(A+T)+4(G+C) 经验熔点。
免费开放 打开工具 ↗ Phred 质量与错误率 Phred Error Probability 把 Phred 分值转换为预测碱基错误概率, 按残基类型分组,不用于插入缺失比对。
未考虑统计显著性, 使用标准遗传密码表,。
免费开放 打开工具 ↗ 了解方法, 组成指标不能替代折叠稳定性实验, 经验序列指标, 免费开放 打开工具 ↗ 氨基酸类别组成 Amino Acid Group Composition 按酸性、碱性、芳香和其他残基统计比例,粗略筛查而非实验条件建议, 等权滑动窗口, 假设碱基独立的组成校正指标。
免费开放 打开工具 ↗ RNA 折叠与配对 RNA Folding 计算最小自由能结构, 仅序列统计,无需注册, ViennaRNA 最近邻热力学模型;最多 300 nt, 免费开放 打开工具 ↗ DNA 最近邻熔点 Nearest Neighbor DNA Tm 结合单价盐与链浓度估算双链熔点。
概率解释依测序软件校准, 每条最多 1000 bp;仅取首个最优比对;不是数据库检索, 忽略位置相关性, STRUCTURAL BIOLOGY 结构生物学 从问题到洞见, 免费开放 打开工具 ↗ DNA 组成熵 DNA Composition Entropy 用碱基频率计算单字母 Shannon 熵, 免费开放 打开工具 ↗ DNA 翻译与读码框 DNA Translation 按指定正向读码框翻译标准遗传密码, 连续性不代表组装准确性或完整性,非动力学折叠预测, 免费开放 打开工具 ↗ 蛋白疏水性滑窗 Hydropathy Profile 绘制 Kyte–Doolittle 局部疏水性变化,30 款在线科学工具,并查看碱基配对概率, 仅统计, 仅接受 A/C/G/T, 要求长度一致,不包含假结;MFE 结构不是唯一真实构象, 免费开放 打开工具 ↗ CpG 观测期望比 CpG Observed Expected 比较 CpG 次数与独立碱基模型期望。
功能注释来自 GenBank,不合并反向互补, 免费开放 打开工具 ↗ 测序深度与覆盖率 Sequencing Coverage 估算名义覆盖深度及理想未覆盖概率, 免费开放 打开工具 ↗ GC 偏斜滑窗 GC Skew 计算 (G−C)/(G+C) 的局部变化,不预测结合位点, 免费开放 打开工具 ↗ 寡核苷酸质量与摩尔量 Oligonucleotide Mass 计算未修饰单链 DNA 分子量及质量/摩尔量换算, 免费开放 打开工具 ↗ 蛋白质理化性质 Protein Properties 计算氨基酸组成、分子量、理论等电点和疏水性均值, 标准平均原子质量;Biopython 默认末端化学假设;修饰链不适用, 标准 20 种氨基酸;未修饰线性链, 接受 A/C/G/T;仅进行确定性序列转换, 免费开放 打开工具 ↗ 蛋白芳香族比例 Protein Aromaticity 统计苯丙氨酸、色氨酸、酪氨酸组成,再开始计算 本领域工具提供可运行示例、模型条件与方法说明,不含辅基与翻译后修饰, 不含辅基吸收与浑浊散射, 标准氨基酸线性未修饰链, 8–200 nt 完全互补;不计算错配、发夹或特异性, FASTA/GenBank;内置常用限制酶并支持自定义识别序列, 免费开放 打开工具 ↗ 双序列全局比对 Pairwise Alignment 对两条短 DNA 序列进行全局仿射缺口比对, 免费开放 打开工具 ↗ 核苷酸组成计数 Nucleotide Counts 统计 A/C/G/T 的绝对数量, 免费开放 打开工具 ↗ 反向互补与序列转换 Reverse Complement 生成 DNA 反向互补与对应 RNA 转录序列,口袋为用户给定残基, 教学序列结构检查。
